行业协会与商会都是社会组织，性质上基本类似，但也有所区别：
1、商会是商品经济的必然产物，协会一般属非营利性机构。
2、商会是商人身份确立的过程，也是商人组织有序化的过程；行业协会是一种民间性组织，是政府与企业的桥梁和纽带。
3、人们在口头或者感情色彩上有所区分。人们常常以为商会通常是"资本家"组成的协会，并用来交流商业经验,维护商业利益。而行业协会通常是指"无产阶级"所组成的维护劳动者利益的团体。
4、商会出现的更多把乡源、地域、血缘等作为纽带的，商会总是会有龙头企业的来牵头做的，并且他们会跟当地政府有相关的联系，商会有一定实力之后，也会以商会的名义回去建设家乡；而协会基本上只会出现在行业组织里，他们强调的更多的是如果通过行业协会这样的一个组织为会员们谋求法律、政策、资源的福利，并通过协会去表达他们的诉求，因为毕竟组织是比个人强大的！也比个人更加容易得到重视。
